Descuento en finiquito por una gestión no realizada

Les cuento que trabajo haciendo remuneraciones, y demás trámites del personal de la empresa, por lo cual en un mes llegó una licencia electrónica de imed de una trabajadora, lo cual por problemas en correo electrónico, no me entere de su llegada, y la licencia quedo sin tramitar por parte del empleador y fuera de plazo, fui a hablar con el doctor.

Que emitió la licencia y no me dio opción de renovarla, fui a la isapre y me dicen que en estos casos no pueden hacer nada, y por último me presente al compin con toda la documentación, y al momento de la resolución me dicen que la isapre no les ha emitido la documentación, me dirijo a la isapre y me dicen que mientras yo no la trámite ellos no pueden mandar la información al compin, y así se convirtió este tema en un círculo vicioso. Bueno en palabras más cortas comunique la situación a gerencia, y ahora que presente mi carta de renuncia quieren que yo y de mi finiquito me haga cargo de este pago. El tema es que no es mi problema si los sistemas de este empresa son tan arcaicos que no funcionen como corresponden. La pregunta es si es legal que me descuenten de mi finiquito?

Para mi no lo es, pero necesito la opinión de profesionales.

Flavia Fernández