Debo devolver comisiones pagadas de más incluyendo el IRPF?

Trabajo como autónomo para una compañía de seguros. Tengo con dicha compañía un contrato mercantil y no tengo nómina, sino que mensualmente me liquida las comisiones y me retiene un 21% de IRPF sobre dichas comisiones. Ahora me reclama la devolución de unas comisiones liquidadas de más en 2013, lo cual es cierto. El problema es que me reclama las cantidades íntegras, cuando en la liquidación me retuvo el 21% de IRPF. ¿Estoy obligado a devolver la cantidad íntegra o solamente la cantidad que cobré (la cantidad íntegra menos el IRPF)?

Ejemplo: me reclaman 900 euros mensuales cuando yo he recibido sólo 711, ya que el resto me lo ha retenido la compañía en concepto de IRPF. Además entiendo que en mi declaración correspondiente a 2013 tendré que declarar dichas cantidades.

Pablo